第四十九章系统生物 (1/2)

不同的氨基酸对应的密码子是另一层次的选择性表达，这与其本身的性质相关，也与组合的模式出现相关，但这是基于矩阵的本征，等电点，ph值等等是其中的变量，其比例是本征

有效率，在不同的层次使得整体耦合，如红细胞的寿命是有限的，但其有多层次的分布函数的耦合，如新生的数目，分布

dna，rna的核苷酸的合成与氨基酸相关：丙氨酸，一碳单位，天冬氨酸，谷氨酰胺

转变成富含β-折叠的prp，水溶性变差容易聚集形成淀粉状纤维沉淀在脑组织，造成损伤。这是通过改变一定性质的改变的概率来在多层次的变化，最终在一定层次表达出本征的性质

结合基团是结构性的模式，催化性是矩阵的选择性表达的引导，可变的，同时这也是基于基本的原理。这种层次的耦合或者叠套是高维的结构，不同层次的投影就是一定的选择性表达

循环是网络式的选择性表达，其连接是概率性的，但概率的组合使得其本征是我们可以理络是一个很大的概率库，其表达不仅包括顺序的生成，一些顺序出了问题的表达其实是一种积蓄，如同扑救途径。可逆反应和不可逆反应必然同时存在，其有一定的分布，需要一定的不可逆反应作为方向的导向，这是模式的涌现。而且不可逆反应也有相对应的反方向的不可逆反应，这则是层次的耦合，如

转运使得同一物质可以耦合于其他层次，如肌肉的乳酸通过血液到达肝合成葡萄糖再转运回肌肉，这是一个耦合，需要不断的补充

需要系统的稳态，即维持一些物质的浓度，如血糖，这是网络的本征，可以通过各种途径合成（大概率）

电子的传递有能量的生成，通过耦合使得循环的势能释放

疾病的基本结构，可以扩散为矩阵，因果—相关

正交实验的最终效应是本征值，我们通过其的极差或其他比例

知识图谱，不同主体的连接（相对独立），可以分解为不同亚层的运算（改变概率）

必需氨基酸是个体与外界的联系，这是一种耦合，需要转运来耦合。同时有势差的存在，其有个限度，但不同氨基酸的组合可以起到互补的作用，即搭配

生命起源：基本分子的形成（米勒的放电实验）--特定的化学反应耦合（络形成），

历史即现在的写照，都是网络的选择性表达。本质上这是一个迭代的过程，即贝叶斯网络。

基础知识是选择性表达的坍缩路径，即本征。根据本征所扩散得出的网络的组合，得出其新的本征的过程就是一个贝叶斯网络的过程

蛋白质是基础，其一阶的序列的无限组合的概率可以坍缩为二阶的模块（如a螺旋，b折叠等等）和三维的空间结构（比较稳定的群的排列），还有各种各样的相互作用。不同层次有其不同的本征值，蛋白质相互作用网络是各种层次组合幸存的结构，且还在不断地变化，其实质是分布函数的耦合

dna，rna是如同概率网络的结构，因而可以调节蛋白质的表达，这也是层次的耦合

酶是高层次的概念，是一种导向性的概率坍缩，自由能的升高是概率的提高，然后降低是比较确定的路径

各种代谢是一定的组合模式，也有一定的共同通路tac

酶的存在本身是一种过渡态，这是一种引导，使得概率在组合后的坍缩方式遵循一定的模式

平衡时正负反应速度相等，因而有平衡常数k，是浓度的幂积之比，这是高维度的层次。

平衡浓度是多层次的需求达成的本征，如血糖浓度，是统计的结果，如同热力学的玻尔兹曼分布

dna层次更强调序列携带的信息，基因表达和蛋白质合成是耦合的网络：基因是30亿碱基对的本征涌现—元件是基因或非编码区域的本征涌现—c/g的富集是元件的本征涌现

分布函数，幂律分布；划分的颗粒度越小，耦合的程度越大

调节：关键酶是中心节点，决定整体的本征即方向和速度；酶的数目和活性，通过基因的，rna的表达（基因是内部的，环境是外部的修饰）；酶的别构调节则是网络的调节，使得酶受多调节通路的调节；多路径的同时调节

其大无内，其小无外。其结构是耦合的，即层次之间是高维的拓扑结构。

要整体把握，就必需牺牲细节。就当道是一个波函数，只能整体把握（写出函数式），但具体的观测是局部的塌缩，此时的把握就不完全。

阴阳五行等等元素是网络的基本单位的假设，根据不同层次的遍历一直堆积成为高维结构即网络。网络的低维结构—序列的运算就是量子化的，即相对固定。阴阳其本质上是相对产生的概念

自然是一个网络的框架，我们的解读是一种选择性表达，即波函数的观测和塌缩

网络的共通性，视为一个公约数。

五行生克就是一种序列的处理，什么君臣佐使，刑冲生害合等等关系都是序列的匹配（理想情况是互补，相似则是次优，再次是不匹配）