这一看法也打动了日的天皇，使之于六月十五日的御前会议上询问陆军；“是否可确保宜昌?”
日军有了“天皇圣喻”的撑腰，日本陆军高层，当即坚定了长期占领宜昌的决心。
于是，日军参谋本部于6月16日，发出暂时确保宜昌的命令，期限暂定为1个月。
这一命令经过“中国派遣军”总司令部、第11军转达到各师团的时候，走在最后的第13师团已撤出宜昌52公里，于是第13师团在第3师团一部配合下，调转头来再次向宜昌突进，冲破中队的阻击，于6月17日下午，重新占领宜昌……
7月1日，日军大本营，为弥补第11军扩大占领区后兵力之不足，将驻在黑龙江省的第4师团，从关东军序列中调出，列入第11军，并于7月13日，下达了长期确保宜昌的命令，将武汉方面的作战地区规定为安庆、信阳、宜昌、岳阳、南昌之间。
日军的第11军命令第13师团占领宜昌，第4师团驻防安陆；独立混成第18旅团，担任当阳东西一带警戒，其余部队均返回原防地。
中队在日军重新占宜昌后，继续对宜昌日军及其后方联络线进行反击。
可是，民事委员会下来训令：“兹为应付国际变化，保持战力，俾利整训之目的，第五战区应即停止对宜昌攻击……”
此后，中日双方军队，在宜昌、当阳、江陵、荆门、钟祥、随县、信阳外围之线形成对峙。
国民政府为拱卫重庆、屏障四川，重设第六战区（1939年10月第一次长沙会战后曾设第六战区，1940年4月撤销），以陈诚兼任司令长官，所辖部队有第33集团军、第29集团军、江防军、第18军等，防区为鄂西、湖北、湘西、川东等地。
宜昌会战区，至此结束……